Les prélèvements appelés “pus” englobent toutes les suppurations qu’elles soient superficielles (escarre, ulcère, furoncle, ...) ou profondes (ostéomyélite, spondylodiscite, d’origine digestive, d’origine cérébrale ...). On distingue les suppurations primitives des suppurations secondaires post-chirurgicales ou post-traumatiques.
Les localisations purulentes sont variées et la nature des agents infectieux impliqués sera tout aussi diverse. On distingue 3 classes :
Classe I : prélèvements provenant de localisations normalement stériles (cerveau, adénopathie, bile, os, etc.). Dans ce cas, si le prélèvement a été effectué dans de bonnes conditions d’asepsie, les bactéries isolées seront directement impliquées dans le processus infectieux.
Classe II : prélèvements effectués au niveau de zones profondes communiquant avec des flores commensales. Les suppurations profondes et fermées font suite à des manoeuvres chirurgicales, médicales ou à un traumatisme. Une lésion primitive permet aux bactéries de la flore de voisinage de pénétrer dans les tissus. Dans la majorité des cas il s'agit d'une infection mixte associant bactéries aérobies et anaérobies strictes.
Classe III : prélèvements effectués sur des suppurations ouvertes, dans des zones superficielles. Ils sont fortement contaminés par la flore commensale, surtout s’ils sont effectués par écouvillonnage.