Microbiologie Clinique

1. CONDITIONS DE COLLECTE

EXPECTORATION
L’expectoration doit être réalisée:

• A jeûn, idéalement le matin
• En absence d’antibiothérapie idéalement
• En absence de toute cigarette
• Prothèses dentaires ôtées
• Dents brossées
• Après rinçage bucco-dentaire avec du serum physiologique ou de l’eau du robinet
• Après un effort de toux (sputum expectoré) ou après kinésithérapie (sputum induit)

• Le prélèvement est recueilli dans un pot stérile (muni d’un bouchon sécurisé permettant le transport).
• Bien identifier le matériel avec le nom du patient et la nature et date du prélèvement
• L’exsudat produit doit provenir d’une origine profonde et ne pas être un exsudat rhinopharyngé contaminé par la salive.
• Le malade doit être amplement informé du but recherché (lien vers la fiche de prélèvement pour les patients) .
• Il n’est pas nécessaire d’envoyer plus d’une (bonne) expectoration par jour au laboratoire.

ASPIRATION ENDO-TRACHEALE

• L’aspiration endo-trachéale (AET) est réalisée au moyen d’un système d’aspiration étanche relié à la sonde d’aspiration stérile introduite dans la trachée.
• Le prélèvement est recueilli dans un pot stérile (muni d’un bouchon sécurisé permettant le transport).
• Elle permet le recueil des sécrétions qui, bien que contaminées par la flore oropharyngée, présenteront l’avantage d’avoir été recueillies au niveau même de la lésion ou à proximité.

LAVAGE BRONCHO-ALVEOLAIRE

• Introduire le fibroscope par voir nasale ou orale, ou à travers le tube endotrachéal si le patient est intubé.

• Instiller après blocage du bronchofibroscope dans une bronche segmentaire (lavage bronchique) ou sous-segmentaire (lavage broncho-alvéolaire) environ 10 ml de sérum physiologique (à 37°C).

• Aspirer lentement le sérum physiologique dans un Falcon stérile, avant d’injecter un nouvel aliquot.

• Répèter l’opération 4 à 5 fois. Garder les aliquots dans des récipient séparés.

• Les derniers tubes prélevés sont à privilégier pour le diagnostic microbiologique.

2. TRANSPORT ET CONSERVATION

• Le prélèvement doit être acheminé au laboratoire dans les 2 heures (conservation à T° ambiante), notamment pour éviter la pullulation des bactéries commensales aux dépens de bactéries fragiles comme S. pneumoniae.
• Si ce n’est pas possible : max. 2h à 24h au frigo (entre 2 et 8°C).

3. REMARQUE

Afin d'être traités de façon optimale, les prélèvements précieux doivent être prélevés pendant les heures ouvrables du laboratoire.

Culture sur milieu sélectif différentiel approprié.
Incubation: 24h à 10j à 35 +/- 1°C.

1. Interpétation des cultures semi-quantitatives

L'interprétation du résultat d'une culture aérobie d'un prélèvement respiratoire doit se faire en corrélation avec le résultat de l'examen microscopique de Gram. Celui-ci renseigne sur la présence de leucocytes (argument en faveur d'une infection), de cellules épithéliales (argument en faveur d'une contamination salivaire) et de microorganismes éventuels. A titre d'exemple, les critères de Bartlett permettent d'évaluation de la qualité de l’échantillon (éliminer prélèvements ”salivaires", premières indications diagnostiques).

On observe généralement une croissance de très nombreuses espèces bactériennes dans les expectorations et les aspiration endo-trachéales:

• Beaucoup non associées au processus infectieux

• La corrélation avec clinique augmente si le prélèvement est de qualité (absence de contamination salivaire), transporté et mis en culture rapidement

• Identification et antibiogramme limité à 2-3 pathogènes potentiels:

• Pathogène classique cultivé vu prédominant au Gram et associé à PMN
• Microorganismes en nombre significatif (3 à 4+) et différents de flore oropharyngée
• Pathogènes classiques (H. influenzae, M.catarrhalis, N.meningitidis, …) appartenant à la flore oropharyngée si en nombre significatif

2. Interprétation des cultures quantitatives

• Seuil de positivité des AET quantitatives (patient intubé): > 10exp.5-10exp.6 CFU/ml d'échantillon
• Seuil de positivité des LBA: > 10exp.4-10exp.5 CFU/ml d'échantillon
• Identification et antibiogramme à limiter à 1 à 2 espèces potentiellement pathogènes