| RESPIRATOIRE - Recherche de champignons par culture sur un prélèvement respiratoire |
Code ESSAI: MYCR |
| Pré-analytique |
| Type d'échantillons | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques, Voies respiratoires > Expectoration, Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire |
| Conditions de collecte, traitement, conservation et transport |
1. CONDITIONS DE COLLECTE
EXPECTORATION
L’expectoration doit être réalisée:
- A jeûn, idéalement le matin
- En absence d’antibiothérapie idéalement
- En absence de toute cigarette
- Prothèses dentaires ôtées
- Dents brossées
- Après rinçage bucco-dentaire avec du serum physiologique ou de l’eau du robinet
- Après un effort de toux (sputum expectoré) ou après kinésithérapie (sputum induit)
- Le prélèvement est recueilli dans un pot stérile (muni d’un bouchon sécurisé permettant le transport).
- Bien identifier le matériel avec le nom du patient et la nature et date du prélèvement
- L’exsudat produit doit provenir d’une origine profonde et ne pas être un exsudat rhinopharyngé contaminé par la salive.
- Le malade doit être amplement informé du but recherché (lien vers la fiche de prélèvement pour les patients).
- Il n’est pas nécessaire d’envoyer plus d’une (bonne) expectoration par jour au laboratoire.
ASPIRATION ENDO-TRACHEALE
- L’aspiration endo-trachéale (AET) est réalisée au moyen d’un système d’aspiration étanche relié à la sonde d’aspiration stérile introduite dans la trachée.
- Le prélèvement est recueilli dans un pot stérile (muni d’un bouchon sécurisé permettant le transport).
- Elle permet le recueil des sécrétions qui, bien que contaminées par la flore oropharyngée, présenteront l’avantage d’avoir été recueillies au niveau même de la lésion ou à proximité.
LAVAGE BRONCHO-ALVEOLAIRE
- Introduire le fibroscope par voir nasale ou orale, ou à travers le tube endotrachéal si le patient est intubé.
- Instiller après blocage du bronchofibroscope dans une bronche segmentaire (lavage bronchique) ou sous-segmentaire (lavage broncho-alvéolaire) environ 10 ml de sérum physiologique (à 37°C).
- Aspirer lentement le sérum physiologique dans un Falcon stérile, avant d’injecter un nouvel aliquot.
- Répèter l’opération 4 à 5 fois. Garder les aliquots dans des récipient séparés.
- Les derniers tubes prélevés sont à privilégier pour le diagnostic microbiologique.
2. TRANSPORT ET CONSERVATION
- Le prélèvement doit être acheminé au laboratoire dans les 2 heures (conservation à T° ambiante), notamment pour éviter la pullulation des bactéries commensales aux dépens de bactéries fragiles comme S. pneumoniae.
- Si ce n’est pas possible : max. 2h à 24h au frigo (entre 2 et 8°C).
3. REMARQUE
Afin d'être traités de façon optimale, les prélèvements précieux doivent être prélevés pendant les heures ouvrables du laboratoire.
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| Délai maximum du préanalytique |
2 h |
| Analytique |
| Méthode et appareil |
Recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (seulement sur LBA).
Culture sur milieux appropriés.
Incubation: 1 à 7 jours (10 jours pour les lavages broncho-alvéolaires) à 35 +/- 1°C.
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| Post-analytique |
| Intervalles de référence |
Interpétation des résultats
La recherche de champignons (levures et champignons filamenteux) comprend:
- un examen microscopique de Gram (effectué sur tous les prélèvements respiratoires)
- un examen microscopique après coloration au Calcofluor, coloration flourescente spécifique pour les champignons (sur LBA uniquement)
- la mise en culture du prélèvement sur milieu sélectif pour la croissance des champignons
Le temps nécessaire à la croissance des levures ou des Aspergillus est assez rapide (environ 48h), cependant certaines espèces de champignons présentent une croissance plus lente, justifiant le prologation de l'incubation des cultures jusqu'à 7 jours (voir plus, dans certains cas particuliers, à discuter avec le microbiologiste).
Les résultats de la culture et de l'examen microscopique sont à corrèler entre-eux, et éventuellement avec d'autres recherches comme la PCR Aspergillus par exemple.
L'identification de levures ne donne jamais lieu à la réalisation d'un antifungigramme puisqu'elles sont uniquement le témoin d'une colonistaion de l'arbre respiratoire.
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| Délais (sauf le week-end) |
1 jour (min)
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7 jours (max)
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| Fréquence de réalisation de l'analyse |
7J/7
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Sortie Excel
