Microbiologie Clinique

Chef de laboratoire

Cécile Meex

Téléphone

+32 4 3232280

Fax

+32 4 3662440

EMail

micromed@uliege.be

Discipline

Biologie Clinique
> Microbiologie Clinique
> Bactériologie

RESPIRATOIRE - Recherche de champignons par culture sur un prélèvement respiratoire Code ESSAI: MYCR
Test AccréditéNon accrédité
Réalisable en urgencenon
Pré-analytique
Type d'échantillonsVoies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques, Voies respiratoires > Expectoration, Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Conditions de collecte, traitement, conservation et transport

1. CONDITIONS DE COLLECTE

EXPECTORATION
L’expectoration doit être réalisée:

    • A jeûn, idéalement le matin
    • En absence d’antibiothérapie idéalement
    • En absence de toute cigarette
    • Prothèses dentaires ôtées
    • Dents brossées
    • Après rinçage bucco-dentaire avec du serum physiologique ou de l’eau du robinet
    • Après un effort de toux (sputum expectoré) ou après kinésithérapie (sputum induit)
  • Le prélèvement est recueilli dans un pot stérile (muni d’un bouchon sécurisé permettant le transport).
  • Bien identifier le matériel avec le nom du patient et la nature et date du prélèvement
  • L’exsudat produit doit provenir d’une origine profonde et ne pas être un exsudat rhinopharyngé contaminé par la salive.
  • Le malade doit être amplement informé du but recherché (lien vers la fiche de prélèvement pour les patients) .
  • Il n’est pas nécessaire d’envoyer plus d’une (bonne) expectoration par jour au laboratoire.


ASPIRATION ENDO-TRACHEALE

  • L’aspiration endo-trachéale (AET) est réalisée au moyen d’un système d’aspiration étanche relié à la sonde d’aspiration stérile introduite dans la trachée.
  • Le prélèvement est recueilli dans un pot stérile (muni d’un bouchon sécurisé permettant le transport).
  • Elle permet le recueil des sécrétions qui, bien que contaminées par la flore oropharyngée, présenteront l’avantage d’avoir été recueillies au niveau même de la lésion ou à proximité.

 

LAVAGE BRONCHO-ALVEOLAIRE

  • Introduire le fibroscope par voir nasale ou orale, ou à travers le tube endotrachéal si le patient est intubé.
  • Instiller après blocage du bronchofibroscope dans une bronche segmentaire (lavage bronchique) ou sous-segmentaire (lavage broncho-alvéolaire) environ 10 ml de sérum physiologique (à 37°C).
  • Aspirer lentement le sérum physiologique dans un Falcon stérile, avant d’injecter un nouvel aliquot.
  • Répèter l’opération 4 à 5 fois. Garder les aliquots dans des récipient séparés.
  • Les derniers tubes prélevés sont à privilégier pour le diagnostic microbiologique.



2. TRANSPORT ET CONSERVATION

  • Le prélèvement doit être acheminé au laboratoire dans les 2 heures (conservation à T° ambiante), notamment pour éviter la pullulation des bactéries commensales aux dépens de bactéries fragiles comme S. pneumoniae.
  • Si ce n’est pas possible : max. 2h à 24h au frigo (entre 2 et 8°C).



3. REMARQUE

Afin d'être traités de façon optimale, les prélèvements précieux doivent être prélevés pendant les heures ouvrables du laboratoire.

Délai maximum du préanalytique 2 h
Analytique
Méthode et appareil

Recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (seulement sur LBA).
Culture sur milieux appropriés.
Incubation: 1 à 7 jours (10 jours pour les lavages broncho-alvéolaires) à 35 +/- 1°C.

Post-analytique
Intervalles de référence

Interpétation des résultats

La recherche de champignons (levures et champignons filamenteux) comprend:

  • un examen microscopique de Gram (effectué sur tous les prélèvements respiratoires)
  • un examen microscopique après coloration au Calcofluor, coloration flourescente spécifique pour les champignons (sur LBA uniquement)
  • la mise en culture du prélèvement sur milieu sélectif pour la croissance des champignons

Le temps nécessaire à la croissance des levures ou des Aspergillus est assez rapide (environ 48h), cependant certaines espèces de champignons présentent une croissance plus lente, justifiant le prologation de l'incubation des cultures jusqu'à 7 jours (voir plus, dans certains cas particuliers, à discuter avec le microbiologiste).

Les résultats de la culture et de l'examen microscopique sont à corrèler entre-eux, et éventuellement avec d'autres recherches comme la PCR Aspergillus par exemple.

L'identification de levures ne donne jamais lieu à la réalisation d'un antifungigramme puisqu'elles sont uniquement le témoin d'une colonistaion de l'arbre respiratoire.

Délais (sauf le week-end) 1 jour (min) - 7 jours (max)
Fréquence de réalisation de l'analyse 7J/7
Nomenclature INAMI
Intérêt scientifique
Intérêt médical et scientifique

Les prélèvements microbiologiques des voies respiratoires sont indiqués pour confirmer le diagnostic d’une pneumopathie infectieuse, et pour identifier l’agent pathogène causal. Ils peuvent également permettre de contrôler l’efficacité d’un traitement (ex : tuberculose).

La recherche de bactéries atypiques telles que Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae se fait par PCR. Les Legionella sp. peuvent être recherchées par mise en culture ou par PCR, cependant, il faut compléter l’exploration par  la recherche de l’antigène Legionella au niveau urinaire.

Remarque :

D’autres prélèvements permettent d’établir l’étiologie infectieuse d’une pneumopathie telles que les hémocultures (ex : pneumonie à Pneumocoque), le recherche d’antigène urinaire de S.pneumoniae ou Legionella, ou encore une biopsie bronchique.

Sortie Excel Sortie Excel