• Accréditation
  • Discipline
  • Nature de l'échantillon
  • Réalisable en urgence



Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Biologie Moléculaire
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
BKVP Détection quantitative par PCR en temps réel du BK Polyomavirus Sang
Urines

PCR  en temps réel quantitative, Lightcyler 480 (Roche)

CMVPQ_m2000 Détection quantitative par PCR en temps réel du Cytomégalovirus (CMV) dans le sang Sang

PCR CMV quantitative en temps réel sur sang total, m2000 (Abbott)

CMVP Détection semi-quantitative par PCR en temps réel du Cytomégalovirus (CMV) Autres Types d'échantillons > ADN
Liquides biologiques > Liquide amniotique
Liquides biologiques > Liquide de ponction divers
Liquides biologiques > Liquide œil
Liquides biologiques > Liquide péricardique
Liquides biologiques > Liquide péritonéal
Liquides biologiques > Liquide pleural
Organes > Placenta/Curetage (Fausse-couche)
Urines
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Biopsie

PCR qualitative en temps réel pour la détection du CMV, Lightcycler 480 (Roche)

NGOP_ALIN PCR qualitative en temps réel pour la détection de Neisseria gonorrhoeae sur Alinity m (Abbott) Urines
Frottis > Frottis vaginal

PCR qualitative en temps réel  pour la détection de Neisseria gonorrhoeae sur Alinity m (Abbott)

HSVP PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour la glycoprotéine D de HSV 1 et 2, ABI 7500 (Applied Biosystems) Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Liquides biologiques > Liquide de ponction divers
Biopsie
Frottis > Frottis divers

Détection qualitative par PCR en temps réel "home made" des virus Herpes Simplex 1 et 2 (HSV1 et HSV2) 

16sP PCR toutes bactéries Sang
Urines
Culture
Divers

PCR classique ciblée sur la région V1-V3 du gène codant pour l'ARN ribosomial 16s et séquençage Sanger

GIPanel Panel gastro-intestinal Selles

FilmArray (BioFire - BioMérieux)

HBVP_ALIN Test de quantification de l'ADN viral HBV plasmatique Sang

PCR quantitative en temps réel

HCVP_ALIN Test de quantification de l'ARN viral HCV plasmatique Sang

Extraction automatisée des acides nucléiques suivie d'une amplification et d'une quantification par RT-PCR en temps réel (Alinity m, Abbott)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Centres Nationaux de Référence > Mycoses
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
MIC-CNR-MYC1 Examen microscopique pour la détection de la présence de levures, spores et filaments mycéliens Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames

Examen microscopique après coloration au blanc de calcofluor

MIC-CNR-MYC6 Identification microscopique Culture

Examen microscopique après croissance sur des milieux appropriés

MIC-CNR-MYC4 Identification par détermination du profil des protéines ribosomales Culture

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

MIC-CNR-MYC7 Identification par séquençage de la portion ITS Culture > Levures
Culture > Champignons filamenteux
Tissus frais

Technique d'amplification par PCR d'un fragment ITS permettant l'identification de l'agent fongique étudié et la discrimination entre espèces proches phylogénétiquement.

MIC-CNR-MYC3 Recherche de champignons filamenteux par culture Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames
Phanères et peau

Mise en culture avec isolement sur des milieux spécifiques et incubation en aérobiose

MIC-CNR-MYC2 Recherche de levures par culture Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames

Mise en culture avec isolement sur des milieux spécifiques et incubation en aérobiose

MIC-CNR-MYC8 Sensibilité aux antifongiques: détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par méthode de dilution en milieu liquide et interprétation Culture > Levures

Technique quantitative standardisée de détermination de CMI en microdilution par l'utilisation de microplaque SENSITITRE. Les suspensions standardisées de levures sont distribuées dans les microplaques à l'aide de l'autoinoculateur sensititre. Après incubation, les CMI sont lues à l'aide du système Sensititre VIZION et interprétées en catégories S (Sensible), I (Intermédiaire) et R (Résistant) en accord avec l'édition la plus récente du CLSI (Clinical Laboartory Standards Institute)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Centres Nationaux de Référence > Streptocoques
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
MIC-CNR-GBS2 Culture Culture

Culture sur milieux solides nutritifs ou différentiels ou en bouil'on suivant les objectifs poursuivis

MIC-CNR-VIB1 Culture Culture

Culture sur milieux solides nutritifs

MIC-CNR-GBS7 Détermination de la sensibilité aux agents antimicrobiens Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Plusieurs méthodes peuvent être utilisées isolément ou en combinaison:

-Détermination des concentrations minimales (CMI en mg/L) par la micro-méthode en dilution: Sensititre Trek et interpretation

-Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par la méthode en dilution ETest et interprétation

-Détermination de la résistance inductible à la clindamycine par la méthode de diffusion de disques en milieu gélosé

MIC-CNR-GBS6 Détermination des caractéristiques microscopiques après coloration de Gram Culture > Bactéries
Culture

Examen microscopique après coloration de Gram d'un étalement de la souche cultivée et description de la morphologie / coloration des bactéries observées


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