• Accréditation
  • Discipline
  • Nature de l'échantillon
  • Réalisable en urgence



Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Biologie Moléculaire
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
HSVP PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour la glycoprotéine D de HSV 1 et 2, ABI 7500 (Applied Biosystems) Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Liquides biologiques > Liquide de ponction divers
Biopsie
Frottis > Frottis divers

Détection qualitative par PCR en temps réel des virus Herpes Simplex 1 et 2 (HSV1 et HSV2) 

16sP PCR toutes bactéries Divers

PCR

GIPanel Panel gastro-intestinal Selles

FilmArray (BioFire - BioMérieux)

ME_PANEL (VZVPa, ENTVPa, CMVPa, MENPa, PNEPa, ECOPa, HIPa, LISTPa, GBSPa, CRYPa, HSV2Pa,HSV1Pa, HHV6Pa, PEVPa) Panel méningite/encéphalite Liquides biologiques > LCR

FilmArray (BioFire - BioMérieux)

COVIDP_ALIN, COVIDP_Cycles RT-PCR COVID-19 (Alinity) Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Gorge
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Voies respiratoires > Nasopharynx

PCR qualitative en temps réel, SARS-CoV-2 AMP (Abbott), Alinity (Abbott)

COVIDP_COB, COVIDP_E, COVIDP_ORF1 RT-PCR COVID-19 (Cobas) Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Gorge
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Voies respiratoires > Nasopharynx

PCR qualitative en temps réel, Cobas Sars-Cov2, Cobas 6800 (Roche)

COVIDP_XPERT, COVIDP_XPR_E, COVIDP_XPR_N2 RT-PCR COVID-19 urgente Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Gorge
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Voies respiratoires > Nasopharynx

PCR qualitative en temps réel, Xpert® Xpress SARS-CoV-2 (Cepheid), GeneXpert (Cepheid)

HBVP_ALIN Test de quantification de l'ADN viral HBV plasmatique Sang

PCR quantitative en temps réel

HCVP_ALIN Test de quantification de l'ARN viral HCV plasmatique Sang

Extraction automatisée des acides nucléiques suivie d'une amplification et d'une quantification par RT-PCR en temps réel (Alinity m, Abbott)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Centres Nationaux de Référence > Mycoses
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
MIC-CNR-MYC1 Examen microscopique pour la détection de la présence de levures, spores et filaments mycéliens Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames

Examen microscopique après coloration au blanc de calcofluor

MIC-CNR-MYC6 Identification microscopique Culture

Examen microscopique après croissance sur des milieux appropriés

MIC-CNR-MYC4 Identification par détermination du profil des protéines ribosomales Culture

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

MIC-CNR-MYC7 Identification par séquençage de la portion ITS Culture > Levures
Culture > Champignons filamenteux
Tissus frais

Technique d'amplification par PCR d'un fragment ITS permettant l'identification de l'agent fongique étudié et la discrimination entre espèces proches phylogénétiquement.

MIC-CNR-MYC3 Recherche de champignons filamenteux par culture Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames
Phanères et peau

Mise en culture avec isolement sur des milieux spécifiques et incubation en aérobiose

MIC-CNR-MYC2 Recherche de levures par culture Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames

Mise en culture avec isolement sur des milieux spécifiques et incubation en aérobiose

MIC-CNR-MYC8 Sensibilité aux antifongiques: détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par méthode de dilution en milieu liquide et interprétation Culture > Levures

Technique quantitative standardisée de détermination de CMI en microdilution par l'utilisation de microplaque SENSITITRE. Les suspensions standardisées de levures sont distribuées dans les microplaques à l'aide de l'autoinoculateur sensititre. Après incubation, les CMI sont lues à l'aide du système Sensititre VIZION et interprétées en catégories S (Sensible), I (Intermédiaire) et R (Résistant) en accord avec l'édition la plus récente du CLSI (Clinical Laboartory Standards Institute)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Centres Nationaux de Référence > Streptocoques
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
MIC-CNR-GBS2 Culture Culture

Culture sur milieux solides nutritifs ou différentiels ou en bouil'on suivant les objectifs poursuivis

MIC-CNR-GBS7 Détermination de la sensibilité aux agents antimicrobiens Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Plusieurs méthodes peuvent être utilisées isolément ou en combinaison:

-Détermination des concentrations minimales (CMI en mg/L) par la micro-méthode en dilution: Sensititre Trek et interpretation

-Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par la méthode en dilution ETest et interprétation

-Détermination de la résistance inductible à la clindamycine par la méthode de diffusion de disques en milieu gélosé

MIC-CNR-GBS6 Détermination des caractéristiques microscopiques après coloration de Gram Culture > Bactéries
Culture

Examen microscopique après coloration de Gram d'un étalement de la souche cultivée et description de la morphologie / coloration des bactéries observées

MIC-CNR-GBS5 Détermination des sérotypes capsulaires de S.agalactiae Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Détection des polysaccharides capsulaires (Ia, Ib, II à IX) de S.agalactiae par un test d'agglutination avec des particules de latex spécifiques des différents sérotypes

MIC-CNR-GBS3 Identification de S. agalactiae par agglutination Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Détection de l'antigène de groupe B par un test d'agglutination'avec des particules de latex spécifiques du groupe B

MIC-CNR-GBS4 Identification par détermination du profil des protéines ribosomales Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

MIC-CNR-GBS1 Recherche de S.agalactiae par culture après enrichissement sélectif Frottis > Frottis vaginal
Frottis > Frottis rectal

Culture sur milieux sélectifs et différentiels appropriés y compris un bouillon d'enrichissement sélectif. Incubation à 35°C dans les atmosphères appropriées (air, air + CO2 et anaérobiose)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Centres Nationaux de Référence > Vibrios
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
MIC-CNR-VIB1 Culture Culture

Culture sur milieux solides nutritifs

MIC-CNR-VIB4 Détermination du sérogroupe et serovar de V.cholerae Culture

Détection des antigènes O de V.cholerae par un test d'agglutination rapide sur lame avec des antisera spécifiques de V.cholerae.
Le choix des antisera utilisés permet de différencier V.cholerae O1 serovar Inaba, V.cholerae O1 serovar Ogawa, V.cholerae O1 serovar Hikojima et V.cholerae O139 Bengal

MIC-CNR-VIB3 Identification par détermination du profil des protéines ribosamales Culture

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

TDRHP Recherche par PCR de la présence des gènes TDH/TRH Vibrio parahaemoliticus Culture > Vibrio sp

PCR

MIC-CNR-VIB5 Recherche par PCR de la présence du gène CtxA, marqueur de pathogénicité codant pour la sous-unité A de la toxine cholérique Culture

Détection du gène CtxA par PCR "in house" en temps réel adaptée d'après l'article "Use of real time PCR assay for detection of the CtXA gene of Vibrio Cholerae in an environmental survey of mobile bay" (Blackstone G. et al., Journal of Microbiological Methods, 2007)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Laboratoire de Référence SIDA > LRS : Biologie Moléculaire
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
LRS_HIV_PCR Détection de l'ADN proviral HIV-1 dans les PBMC Sang

Détection par PCR. Test "home-made".

LRS_HIV_GENO Génotypage HIV Sang > Plasma EDTA

Séquençage des gène Reverse Transcriptase, Protease et Integrase

JCVP PCR polyomavirus JC Liquides biologiques > LCR

PCR en temps réel qualitative, kit RealStar® JCV PCR Kit 1.0 (Altona), Lightcycler 480 (Roche)

LRS_HCV_GENO Test de génotypage LIPA VERSANT HCV (SIEMENS) Sang

Amplification de l'ARN viral par PCR après extraction manuelle (QIAGEN) et détermination des génotypes (de 1 à 6) et sous-types par hybridation inverse sur bandelettes

LRS_HBV_QUA Test de quantification de l'ADN viral HBV plasmatique Sang

Extraction automatisée des échantillons (m2000sp, Abbott) suivie d'une amplification et d'une quantification par PCR en temps réel (m2000rt, Abbott)

LRS_HCVQUAm2000RT Test de quantification de l'ARN viral HCV plasmatique Sang

Extraction automatisée des échantillons (m2000sp, Abbott) suivie d'une amplification et d'une quantification par RT-PCR en temps réel (m2000rt, Abbott)

HIVP_COB Test de quantification de l'ARN viral HIV-1 plasmatique Sang

Extraction automatisée des échantillons suivie d'une amplification et d'une quantification par PCR en temps réel (c6800, Roche)

LRS_HCVCALm2000RT Test qualitatif de détection de l'ARN viral HCV plasmatique Sang

Extraction automatisée des échantillons (m2000sp, Abbott) suivie d'une amplification et d'une détection par RT-PCR en temps réel (m2000rt, Abbott)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Laboratoire de Référence SIDA > LRS : Sérologie
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
LRS_VIDAS_DUO Test de détection de l'Ag p24 de HIV-1 et des Ac anti-HIV-1/HIV-2 dans le sang Sang

ELFA (Enzyme Linked Fluorescent Assay, Biomerieux) réalisé sur VIDAS

LRS_GENS_HIV Test qualitatif de détection d'anticorps anti-HIV1 et -HIV2 Sang

EIA réalisé avec le test GENSCREEN HIV1/2 (v.02) (BIORAD)

LRS_LIA_HIV Test qualitatif de détection d’anticorps dirigés contre le virus de l’immunodéficience humaine (HIV) de types 1 et 2 dans le sang Sang

Immunoblot sur bandelettes réalisé sur AUTO-LIA (Innogenetics)

LRS_VIDAS_AGP24 Test quantitatif de détection de l'Ag p24 de HIV-1 dans le sang Sang

ELFA (Enzyme Linked Fluorescent Assay, Biomerieux) réalisé sur VIDAS


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Mycobactéries
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
ATBMGIT Détermination de la sensibilité in vitro de M. tuberculosis complexe Voies respiratoires

Sensibilité in vitro en tube MGIT (Becton Dickinson) selon la technique recommandée par le laboratoire BD, Automate d'incubation et lecture MGIT (BD)

BK Recherche de mycobactéries par culture Urines
Liquides biologiques

Culture sur milieux solide de Löwenstein jensen et sur milieux liquides (7H9), Incubateur et Mgit (Becton Dickinson)

EDBK Recherche microscopique de bacilles acido-alcoolorésistants dans le LCR Liquides biologiques > LCR

Coloration fluorescente à l'auramine, mirostainer (automate de coloration), microscope à fluorescence

EDBK Recherche microscopique de bacilles acidoalcoolorésistants Liquides biologiques > LCR
Liquides biologiques > Liquide de ponction divers
Liquides biologiques > Liquide gastrique
Liquides biologiques > Liquide œil
Liquides biologiques > Liquide péricardique
Liquides biologiques > Liquide pleural
Voies respiratoires > Expectoration
Urines
Biopsie > Ganglions
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Tissus frais
Biopsie
Moëlle hématopoïétique
Frottis
Autre
Frottis > Frottis divers

Coloration fluorescente à l'auramine et coloration de Ziehl, microscope optique


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Mycologie
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
ATF Détermination de la sensibilité in vitro des levures provenant de sites normalement stériles Autre

Sensibilité in vitro en milieu liquide, incubateur à 37°C.

MYCE Identification des champignons filamenteux Autre

Examen microscopique et repiquage sur milieux spéciaux, microscope optique et incubateur à 30°C

DERC Identification des champignons filamenteux à partir d'une culture de la peau et des phanères Autre

Examen microscopique et repiquage sur milieux spéciaux, microscope optique

LEVC Identification des levures à l'exclusion de C. albicans Autre

Spectrométre de masse (maldi-Tof) ou galeries d'identification

MYCE Recherche de champignon filamenteux par culture Autres Types d'échantillons

Culture sur milieu de Sabouraud additionné d'antibiotiques

DERC Recherche de champignon filamenteux par culture à partir de la peau et des phanères Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Peau
Biopsie
Autres Types d'échantillons
Frottis
Autre
Frottis > Frottis divers

Culture sur milieu de Sabouraud additionné d'antibiotiques, incubateur à 30°C.


Sortie Excel Sortie Excel