• Accréditation
  • Discipline
  • Nature de l'échantillon
  • Réalisable en urgence



Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Bactériologie
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
ANAL LIQUIDE DE ... - Culture anaérobie d'un liquide de ... Liquides biologiques

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 48 h à 10 jours à 35 +/- 1°C en anaérobiose.

AERL LIQUIDE DE ... - Culture aérobie d'un liquide de ... Liquides biologiques

Examen microscopique direct après coloration de Gram.
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 24 h à 7 jours à 35 +/- 1°C

MYCL LIQUIDE DE ... - Recherche de champignons par culture sur un liquide de... Liquides biologiques

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 1 à 7 jours à 35 +/- 1°C.

Remarque: recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (sur demande expresse du clinicien).

ANAD MATÉRIEL (autres que dispositifs intra-vasculaires) - Culture anaérobie d'un matériel Autre

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 48 h à 10 jours à 35 +/- 1°C en anaérobiose.

AERD MATÉRIEL (autres que dispositifs intra-vasculaires) - Culture aérobie d'un matériel Autre

Examen microscopique direct après coloration de Gram. Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 24 h à 7 jours à 35 +/- 1°C

MYCD MATÉRIEL (autres que dispositifs intra-vasculaires) - Recherche de champignons par culture sur un matériel Autre

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: 1 à 7 jours à 35 +/- 1°C.

Remarque: recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (sur demande expresse du clinicien).

MRSAFR NEZ - Recherche de S.aureus oxacilline résistant (MRSA) Voies respiratoires > Nez

Culture sur milieu sélectif différentiel.
Incubation: 24 h à 35 +/- 1°C.

ANAD PUS DE ... - Culture anaérobie d'un pus de ... Autres Types d'échantillons > Pus (ponction/aspiration OU biopsie)

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 48 h à 10 jours à 35 +/- 1°C en anaérobiose.

AERD PUS DE ... - Culture aérobie d'un pus de ... Autres Types d'échantillons > Pus (ponction/aspiration OU biopsie)

Examen microscopique direct après coloration de Gram.
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 24 h à 7 jours à 35 +/- 1°C

MYCD PUS DE ... - Recherche de champignons par culture sur un pus de ... Autres Types d'échantillons > Pus (ponction/aspiration OU biopsie)

Culture sur milieux appropriés. Incubation: 1 à 10 jours à 35 +/- 1°C.

Remarque: recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (sur demande expresse du clinicien).

ANAR RESPIRATOIRE - Culture anaérobie d'un prélèvement respiratoire Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

Culture quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 48 h à 10 jours à 35 +/- 1°C en anaérobiose.

AER_RESP RESPIRATOIRE - Culture aérobie d'un prélèvement respiratoire Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

Examen microscopique direct après coloration de Gram (Score de Bartlett). Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 24 à 48 h à 35 +/- 1°C. 

LEGIR RESPIRATOIRE - Recherche de Legionella par culture Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Expectoration
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

Culture sur milieu sélectif différentiel approprié.
Incubation: 24h à 10j à 35 +/- 1°C.

MRSAR RESPIRATOIRE - Recherche de S.aureus oxacilline résistant (MRSA) Voies respiratoires > Expectoration

Culture sur milieu séléctif différentiel.
Incubation: 24 h à 35 +/- 1°C.

MYCR RESPIRATOIRE - Recherche de champignons par culture sur un prélèvement respiratoire Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Expectoration
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

Recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (seulement sur LBA).
Culture sur milieux appropriés.
Incubation: 1 à 7 jours (10 jours pour les lavages broncho-alvéolaires) à 35 +/- 1°C.

ANAH SANG - Hémoculture (culture anaérobie) Sang
Sang > Sang par cathéter (hémoculture)
Sang > Sang par ponction (hémoculture)

Culture en flacon BactAlert FN PLUS (bioMérieux).
Incubation: 1 à 5 jours à 35 +/- 1°C.

Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs.
Sous-culture des flacons positifs sur milieux appropriés.
Incubation: 24 à 48 h à 35 +/- 1°C, en aérobiose et en anaérobiose.

AER_HEMOC SANG - Hémoculture (culture aérobie) Sang

Culture en flacon BactAlert FA PLUS (bioMérieux).

Incubation: max 5 jours à 35 +/- 1°C.

Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs.

Sous-culture des flacons positifs sur milieux appropriés. 

MYCH SANG - Hémoculture (recherche de champignons par culture) Sang
Sang > Sang par cathéter (hémoculture)
Sang > Sang par ponction (hémoculture)

Culture en flacon BactAlert FA PLUS (bioMérieux).
Incubation: 1 à 5 jours à 35 +/- 1°C.

Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs.
Sous-culture des flacons positifs sur milieux appropriés.
Incubation: 24h à 35 +/- 1°C.

AERHP SANG - Hémoculture pédiatrique (culture aérobie et recherche de champignons) Sang
Sang > Sang par cathéter (hémoculture)
Sang > Sang par ponction (hémoculture)

Culture en flacon BactAlert PF PLUS (bioMérieux).
Incubation: 1 à 5 jours à 35 +/- 1°C.

Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs.
Sous-culture des flacons positifs sur milieux appropriés.
Incubation: 24h à 35 +/- 1°C.

AER_SELL SELLES - Culture aérobie d'un prélèvement de selles Selles

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés y compris un bouillon d'enrichissement sélectif. Incubation :  

* 18 à 42h à 35 +/- 1°C en aérobiose (recherche de Salmonella sp./ Shigella sp.), 

* 48h à 42 +/- 1°C, en microaérophilie (recherche de Campylob. 

BLSES SELLES - Recherche d'entérobactéries productrices de BLSE Selles

Culture sur milieu sélectif différentiel approprié
Incubation: 24 à 48h à 35 +/- 1°C

VRE_SELL SELLES - Recherche d'entérocoques résistants à la vancomycine (VRE) Selles

Culture sur milieu sélectif différentiel approprié. Incubation: 18 à 40h à 35 +/- 1°C.

CLDI SELLES - Recherche de Clostridium difficile par culture Selles

Culture sur milieu sélectif différentiel approprié.
Incubation: 48h à 35 +/- 1°C en anaérobiose.

CPES SELLES - Recherche de bacilles Gram négatif multi-résistants Selles

Culture sur milieu sélectif différentiel approprié
Incubation: 24 à 48h à 35 +/- 1°C

MYCE_SELL SELLES - Recherche de champignons Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

Culture sur milieu approprié. Incubation: 48h à 35 +/- 1°C.

ANAG TRACTUS GENITAL - Culture anaérobie d'un prélèvement génital Tractus urogénital-rectal > Endocol
Tractus urogénital-rectal > Prélèvement cervico-vaginal conventionnel
Tractus urogénital-rectal > Sperme
Tractus urogénital-rectal > Urétral
Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas
Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre
Tractus urogénital-rectal

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: de 48 h à 10 jours à 35 +/- 1°C en anaérobiose.

AER_GEN TRACTUS GENITAL - Culture aérobie d'un prélèvement génital Tractus urogénital-rectal > Endocol
Frottis > Méat urétral
Tractus urogénital-rectal > Sperme
Tractus urogénital-rectal > Vaginal
Tractus urogénital-rectal > Vulve
Tractus urogénital-rectal > Pénis
Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas
Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre

Examen microscopique direct après coloration de Gram (Calcul du score de Nugent sur prélèvement vaginal).

Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 24 à 48h à 35 +/- 1°C.

GONCG TRACTUS GENITAL - Culture de gonocoques sur un prélèvement génital Tractus urogénital-rectal > Endocol
Tractus urogénital-rectal > Frottis rectal
Tractus urogénital-rectal > Urétral
Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas
Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre
Tractus urogénital-rectal

Culture semi-quantitative sur milieu sélectif approprié.
Incubation: 24 à 72h à 35 +/- 1°C.

DSB TRACTUS GENITAL - Dépistage prénatal de streptocoques du groupe B Tractus urogénital-rectal > Frottis rectal
Tractus urogénital-rectal > Vaginal
Tractus urogénital-rectal > Vagino-rectal

Culture sur milieux appropriés y compris un bouillon d'enrichissement sélectif.
Incubation: 24 à 48h à 35 +/- 1°C.

LEVG TRACTUS GENITAL - Recherche de levures par culture sur un prélèvement génital Tractus urogénital-rectal > Endocol
Tractus urogénital-rectal > Frottis rectal
Tractus urogénital-rectal > Prélèvement cervico-vaginal conventionnel
Tractus urogénital-rectal > Sperme
Tractus urogénital-rectal > Urétral
Tractus urogénital-rectal > Vaginal
Tractus urogénital-rectal > Vulve
Tractus urogénital-rectal > Pénis
Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas
Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre
Tractus urogénital-rectal

Culture semi-quantitative sur milieu approprié.
Incubation: 24 à 48h à 35 +/- 1°C.

AER_UR URINE - Culture aérobie d'un prélèvement urinaire Urines

Culture quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 16h à 35 +/- 1°C

LEVC_UR URINE - Recherche de levures par culture sur un prélèvement urinaire Urines

Culture quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 16 à 40 h à 35 +/- 1°C

LEVU URINE - Recherche de levures par culture sur un prélèvement urinaire Urines
Urines > Urine mi-jet
Urines > Urine sondée
Urines > Urine – Sonde à demeure
Urines > Urine – Ponction sus-pubienne
Urines > Urine – Premier jet
Urines > Urine – Post massage prostate
Urines > Urine – Urinocol

Culture quantitative sur milieux appropriés.
Incubation: 24 à 48 h à 35 +/- 1°C.


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Biologie Moléculaire
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
PERP_AMP Détection par PCR multiplex en temps réel des bactéries Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis et Bordetella holmesii Voies respiratoires > Expectoration
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Voies respiratoires > Nasopharynx

PCR multiplex en temps réel qualitative, Lightcyler 480 (Roche)

PLAP Détection qualitative par PCR de Plasmodium sp. Sang

PCR  qualitative nichée mutiplex "in house" pour la détection de P. falciparum, P. vivax, P. ovale et P. malariae, Thermocycler classique 

ASPP Détection qualitative par PCR en temps réel d'Aspergillus sp. Liquides biologiques
Biopsie
Voies respiratoires > Prélèvement du tractus respiratoire – Autre
Frottis > Frottis divers

PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour l'ARNr 18S, ABI 7500 (Applied Biosystems)

BKP Détection qualitative par PCR en temps réel de Mycobacterium tuberculosis et recherche de résistance à la rifampicine. Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Liquides biologiques > Liquide de ponction divers
Voies respiratoires > Expectoration
Urines
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire
Tissus frais
Biopsie
Frottis > Frottis divers

PCR qualitative en temps réel sur GeneXpert ciblée sur le gène rpoB et sur des fragments des séquences cibles des éléments d’insertion IS1081 et IS6110 de Mycobacterium  tuberculosis de manière à permettre également la détection de mutations de  résistanc

BKPID Détection qualitative par PCR en temps réel de Mycobacterium tuberculosis et recherche de résistance à la rifampicine. Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Expectoration
Urines
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

PCR qualitative en temps réel sur GeneXpert ciblée sur le gène rpoB et sur des fragments des séquences cibles des éléments d’insertion IS1081 et IS6110 de Mycobacterium  tuberculosis de manière à permettre également la détection de mutations de  résistanc

MENP Détection qualitative du méningocoque par PCR de Neisseria meningitidis (Meningocoque) Liquides biologiques > LCR

PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour la protéine Ctra de Neisseria meningitidis, thermocycleur 7500 (ABI biosystems)

LRTI_PANEL Détection qualitative et semi-quantitative par PCR en temps réel multiplex de 33 pathogènes (virus, bactéries + résistance à certains antibiotiques) responsables d'infection des voies respiratoires basses (Panel respiratoire bas) Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

FilmArray (BioFire - BioMérieux)

ACANTP Détection qualitative par PCR en temps réel d'Acantamoeba keratitis Frottis > Oeil

PCR qualitative en temps réel "home made" ciblée sur le gène codant pour la petite sous-unité ribosomiale d'Acantamoeba keratitis, Light-Cycler 480 (Roche)PCR qualitative en temps réel "home made" ciblée sur le gène codant pour la petite sous-unité riboso

ECHIP Détection qualitative par PCR en temps réel d'Echinococcus granulosus/multilocularis Liquides biologiques > Bile

PCR qualitative  en temps réel "home-made" pour l'identification d'Echinococcus granulosus/multilocularis, Light-Cycler 480 (Roche)

CPMP Détection qualitative par PCR en temps réel de Chlamydia pneumophila et Mycoplasma pneumoniae Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

PCR qualitative en temps réel pour la détection de Chlamydia pneumophila et Mycoplasma pneumonia sur Lightcycler 480 (Roche)

CTRP_ALIN Détection qualitative par PCR en temps réel de Chlamydia trachomatis Urines
Frottis > Frottis vaginal

PCR qualitative en temps réel pour la détection de Chlamydia trachomatis sur Alinity m (Abbott)

LEGP Détection qualitative par PCR en temps réel de Legionella sp Voies respiratoires

PCR qualitative en temps réel, Lightcycler 480 (Roche)

MUCORP Détection qualitative par PCR en temps réel de Mucorales Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

PCR qualitative en temps réel  pour la détection de Mucorales sur Light-Cycler 480 (Roche)

MYGP_ALIN Détection qualitative par PCR en temps réel de Mycoplasma genitalium Urines
Frottis > Frottis vaginal

PCR qualitative en temps réel  pour la détection de Mycoplasma genitalium sur Alinity m (Abbott)

NOCARP Détection qualitative par PCR en temps réel de Nocardia sp Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

PCR qualitative en temps réel "home-made" basée sur les gènes 16s et 23s  de Nocardia sp,  Light-Cycler 480 (Roche)

PNCYSP Détection qualitative par PCR en temps réel de Pneumocystis jirovecii Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

PCR qualitative en temps réel "home-made" ciblée sur le gène mtLSUrRNA de Pneumocystis jirovecii

PNEP Détection qualitative par PCR en temps réel de Streptococcus pneumoniae (Pneumocoque) Liquides biologiques > LCR
Liquides biologiques > Liquide pleural
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour la pneumolysine de Streptococcus pneumoniae, ABI 7500 (Applied Biosystems)


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