- Accréditation
- Discipline
- Nature de l'échantillon
- Réalisable en urgence
| Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Bactériologie | |||
| Code Essai | Propriété mesurée | Echantillon | Méthode et appareil |
| ANAL | LCR - Culture anaérobie d'un prélèvement de liquide céphalo-rachidien | Liquides biologiques > LCR | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. |
| AERL | LCR - Culture aérobie d'un prélèvement de liquide céphalo-rachidien | Liquides biologiques > LCR | Examen microscopique direct après coloration de Gram. |
| MYCL | LCR - Recherche de champignons par culture sur un prélèvement de liquide céphalo-rachidien | Liquides biologiques > LCR | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. |
| ANAL | LIQUIDE DE ... - Culture anaérobie d'un liquide de ... | Liquides biologiques | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. |
| AERL | LIQUIDE DE ... - Culture aérobie d'un liquide de ... | Liquides biologiques | Examen microscopique direct après coloration de Gram. |
| MYCL | LIQUIDE DE ... - Recherche de champignons par culture sur un liquide de... | Liquides biologiques | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 1 à 7 jours à 35 +/- 1°C. Remarque: recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (sur demande expresse du clinicien). |
| ANAD | MATÉRIEL (autres que dispositifs intra-vasculaires) - Culture anaérobie d'un matériel | Autre | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. |
| AERD | MATÉRIEL (autres que dispositifs intra-vasculaires) - Culture aérobie d'un matériel | Autre | Examen microscopique direct après coloration de Gram. Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. |
| MYCD | MATÉRIEL (autres que dispositifs intra-vasculaires) - Recherche de champignons par culture sur un matériel | Autre | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. Remarque: recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (sur demande expresse du clinicien). |
| MRSAFR | NEZ - Recherche de S.aureus oxacilline résistant (MRSA) | Voies respiratoires > Nez | Culture sur milieu sélectif différentiel. |
| ANAD | PUS DE ... - Culture anaérobie d'un pus de ... | Autres Types d'échantillons > Pus (ponction/aspiration OU biopsie) | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. |
| AERD | PUS DE ... - Culture aérobie d'un pus de ... | Autres Types d'échantillons > Pus (ponction/aspiration OU biopsie) | Examen microscopique direct après coloration de Gram. |
| MYCD | PUS DE ... - Recherche de champignons par culture sur un pus de ... | Autres Types d'échantillons > Pus (ponction/aspiration OU biopsie) | Culture sur milieux appropriés. Incubation: 1 à 10 jours à 35 +/- 1°C. Remarque: recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (sur demande expresse du clinicien). |
| ANAR | RESPIRATOIRE - Culture anaérobie d'un prélèvement respiratoire | Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire | Culture quantitative sur milieux appropriés. |
| AER_RESP | RESPIRATOIRE - Culture aérobie d'un prélèvement respiratoire | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire |
Examen microscopique direct après coloration de Gram (Score de Bartlett). Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 24 à 48 h à 35 +/- 1°C. |
| LEGIR | RESPIRATOIRE - Recherche de Legionella par culture | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques Voies respiratoires > Expectoration Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire |
Culture sur milieu sélectif différentiel approprié. |
| MRSAR | RESPIRATOIRE - Recherche de S.aureus oxacilline résistant (MRSA) | Voies respiratoires > Expectoration | Culture sur milieu séléctif différentiel. |
| MYCR | RESPIRATOIRE - Recherche de champignons par culture sur un prélèvement respiratoire | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques Voies respiratoires > Expectoration Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire |
Recherche de champignons (spores et filaments mycéliens) par examen microscopique direct après coloration au calcofluor (seulement sur LBA). |
| ANAH | SANG - Hémoculture (culture anaérobie) | Sang Sang > Sang par cathéter (hémoculture) Sang > Sang par ponction (hémoculture) |
Culture en flacon BactAlert FN PLUS (bioMérieux). Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs. |
| AER_HEMOC | SANG - Hémoculture (culture aérobie) | Sang | Culture en flacon BactAlert FA PLUS (bioMérieux). Incubation: max 5 jours à 35 +/- 1°C. Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs. Sous-culture des flacons positifs sur milieux appropriés. |
| MYCH | SANG - Hémoculture (recherche de champignons par culture) | Sang Sang > Sang par cathéter (hémoculture) Sang > Sang par ponction (hémoculture) |
Culture en flacon BactAlert FA PLUS (bioMérieux). Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs. |
| AERHP | SANG - Hémoculture pédiatrique (culture aérobie et recherche de champignons) | Sang Sang > Sang par cathéter (hémoculture) Sang > Sang par ponction (hémoculture) |
Culture en flacon BactAlert PF PLUS (bioMérieux). Examen microscopique direct après coloration de Gram des flacons positifs. |
| AER_SELL | SELLES - Culture aérobie d'un prélèvement de selles | Selles | Culture semi-quantitative sur milieux appropriés y compris un bouillon d'enrichissement sélectif. Incubation : * 18 à 42h à 35 +/- 1°C en aérobiose (recherche de Salmonella sp./ Shigella sp.), * 48h à 42 +/- 1°C, en microaérophilie (recherche de Campylob. |
| BLSES | SELLES - Recherche d'entérobactéries productrices de BLSE | Selles | Culture sur milieu sélectif différentiel approprié |
| VRE_SELL | SELLES - Recherche d'entérocoques résistants à la vancomycine (VRE) | Selles | Culture sur milieu sélectif différentiel approprié. Incubation: 18 à 40h à 35 +/- 1°C. |
| CLDI | SELLES - Recherche de Clostridium difficile par culture | Selles | Culture sur milieu sélectif différentiel approprié. |
| CPES | SELLES - Recherche de bacilles Gram négatif multi-résistants | Selles | Culture sur milieu sélectif différentiel approprié |
| MYCE_SELL | SELLES - Recherche de champignons | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire |
Culture sur milieu approprié. Incubation: 48h à 35 +/- 1°C. |
| ANAG | TRACTUS GENITAL - Culture anaérobie d'un prélèvement génital | Tractus urogénital-rectal > Endocol Tractus urogénital-rectal > Prélèvement cervico-vaginal conventionnel Tractus urogénital-rectal > Sperme Tractus urogénital-rectal > Urétral Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre Tractus urogénital-rectal |
Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. |
| AER_GEN | TRACTUS GENITAL - Culture aérobie d'un prélèvement génital | Tractus urogénital-rectal > Endocol Frottis > Méat urétral Tractus urogénital-rectal > Sperme Tractus urogénital-rectal > Vaginal Tractus urogénital-rectal > Vulve Tractus urogénital-rectal > Pénis Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre |
Examen microscopique direct après coloration de Gram (Calcul du score de Nugent sur prélèvement vaginal). Culture semi-quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 24 à 48h à 35 +/- 1°C. |
| GONCG | TRACTUS GENITAL - Culture de gonocoques sur un prélèvement génital | Tractus urogénital-rectal > Endocol Tractus urogénital-rectal > Frottis rectal Tractus urogénital-rectal > Urétral Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre Tractus urogénital-rectal |
Culture semi-quantitative sur milieu sélectif approprié. |
| DSB | TRACTUS GENITAL - Dépistage prénatal de streptocoques du groupe B | Tractus urogénital-rectal > Frottis rectal Tractus urogénital-rectal > Vaginal Tractus urogénital-rectal > Vagino-rectal |
Culture sur milieux appropriés y compris un bouillon d'enrichissement sélectif. |
| LEVG | TRACTUS GENITAL - Recherche de levures par culture sur un prélèvement génital | Tractus urogénital-rectal > Endocol Tractus urogénital-rectal > Frottis rectal Tractus urogénital-rectal > Prélèvement cervico-vaginal conventionnel Tractus urogénital-rectal > Sperme Tractus urogénital-rectal > Urétral Tractus urogénital-rectal > Vaginal Tractus urogénital-rectal > Vulve Tractus urogénital-rectal > Pénis Tractus urogénital-rectal > Cul de sac de Douglas Tractus urogénital-rectal > Origine génitale – Autre Tractus urogénital-rectal |
Culture semi-quantitative sur milieu approprié. |
| AER_UR | URINE - Culture aérobie d'un prélèvement urinaire | Urines | Culture quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 16h à 35 +/- 1°C |
| LEVC_UR | URINE - Recherche de levures par culture sur un prélèvement urinaire | Urines | Culture quantitative sur milieux appropriés. Incubation: 16 à 40 h à 35 +/- 1°C |
| LEVU | URINE - Recherche de levures par culture sur un prélèvement urinaire | Urines Urines > Urine mi-jet Urines > Urine sondée Urines > Urine – Sonde à demeure Urines > Urine – Ponction sus-pubienne Urines > Urine – Premier jet Urines > Urine – Post massage prostate Urines > Urine – Urinocol |
Culture quantitative sur milieux appropriés. |
| Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Biologie Moléculaire | |||
| Code Essai | Propriété mesurée | Echantillon | Méthode et appareil |
| PLAP | Détection qualitative par PCR de Plasmodium sp. | Sang | PCR qualitative nichée mutiplex "in house" pour la détection de P. falciparum, P. vivax, P. ovale et P. malariae, Thermocycler classique |
| ASPP | Détection qualitative par PCR en temps réel d'Aspergillus sp. | Liquides biologiques Biopsie Voies respiratoires > Prélèvement du tractus respiratoire – Autre Frottis > Frottis divers |
PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour l'ARNr 18S, ABI 7500 (Applied Biosystems) |
| BKP | Détection qualitative par PCR en temps réel de Mycobacterium tuberculosis et recherche de résistance à la rifampicine. | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques Liquides biologiques > Liquide de ponction divers Voies respiratoires > Expectoration Urines Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire Tissus frais Biopsie Frottis > Frottis divers |
PCR qualitative en temps réel sur GeneXpert ciblée sur le gène rpoB et sur des fragments des séquences cibles des éléments d’insertion IS1081 et IS6110 de Mycobacterium tuberculosis de manière à permettre également la détection de mutations de résistanc |
| CMVP | Détection qualitative du cytomégalovirus | Autres Types d'échantillons > ADN Liquides biologiques > Liquide amniotique Liquides biologiques > Liquide de ponction divers Liquides biologiques > Liquide œil Liquides biologiques > Liquide péricardique Liquides biologiques > Liquide péritonéal Liquides biologiques > Liquide pleural Organes > Placenta/Curetage (Fausse-couche) Urines Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire Tissus frais Biopsie |
PCR en temps réel qualitative, H-DiaCMVQ™ (Diagenode), ABI 7500 (Applied Biosystems) |
| LEGP | Détection qualitative par PCR en temps réel de Legionella sp | Voies respiratoires | PCR qualitative en temps réel, Lightcycler 480 (Roche) |
| TOXOP | Détection qualitiative par PCR en temps réel de Toxoplasma sp | Sang Liquides biologiques Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire |
PCR qualitative en temsp réel "in house" ciblée sur une séquence répétée non codante (529pb) de Toxoplasma gondii, ABI 7500 (Applied Biosystems) |
| VZVP | Détection qualitiative par PCR en temps réel du virus de la Varicelle et du Zona (VZV) | Liquides biologiques > LCR Frottis > Frottis divers |
PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène ORF21, du VZV, Lightcycler 480 (Roche) |
| CMVPQ_m2000 | Détection quantitative par PCR en temps réel du Cytomégalovirus (CMV) dans le sang | Sang | PCR CMV quantitative en temps réel sur sang total, m2000 (Abbott) |
| EBVPQ_m2000 | PCR Epstein-Barr virus (quantitative) | Sang | PCR EBV quantitative en temps réel sur sang total, m2000 (Abbott) |
| MENP | PCR Neisseria meningitidis | Liquides biologiques > LCR | PCR qualitative en temps réel "in house", thermocycleur 7500 (ABI biosystems) |
| PNEP | PCR Streptococcus pneumoniae | Liquides biologiques > LCR | PCR qualitative en temps réel "in house", ABI 7500 (Applied Biosystems) |
| PERP_PAT | PCR coqueluche | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques Voies respiratoires > Expectoration Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire Voies respiratoires > Nasopharynx |
PCR multiplex en temps réel qualitative pour la détection de l'ADN du Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis et Bordetella holmesii dans des prélèvements respiratoires par PCR en temps réel à l’aide du kit RealAccurate® Quadruplex Bordetella PCR K |
| BKVP | PCR polyomavirus BK | Sang Urines |
PCR quantitative en temps réel, kit RealStar® BKV PCR Kit 1.0 (Altona), Lightcycler 480 (Roche) |
| HSVP | PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour la glycoprotéine D de HSV 1 et 2, ABI 7500 (Applied Biosystems) | Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques Liquides biologiques > Liquide de ponction divers Biopsie Frottis > Frottis divers |
Détection qualitative par PCR en temps réel des virus Herpes Simplex 1 et 2 (HSV1 et HSV2) |
Sortie Excel
