Microbiologie clinique

Chef de laboratoire

Ph Biol. Cécile MEEX

Téléphone

04/323.24.50

Fax

04/323.24.40

C.Meex@chuliege.be

Discipline

Biologie Clinique
> Microbiologie Clinique
> Biologie Moléculaire

PCR toutes bactéries

Code ESSAI: 16sP

Test Accrédité	Non accrédité
Réalisable en urgence	non

Pré-analytique
Type d'échantillons	Sang, Urines, Culture, Divers
Matériels	Récipient stérile
Conditions de collecte, traitement, conservation et transport	Conservation : Frigo (2-15°C), MAX 24H. Si >24H : -20°C. Délai d'ajout : 7 jours.
Volume minimal à prélever chez le patient	500 µL
Délai maximum du préanalytique	12 h

Analytique
Méthode et appareil	PCR classique ciblée sur la région V1-V3 du gène codant pour l'ARN ribosomial 16s et séquençage Sanger
Kit	Maxwell® DNA/RNA Extraction kit (Promega) Primers/probes spécifiques, Eurogentec

Post-analytique
Expression du Résultat	- Positif, identification de la bactérie présente avec pourcentage d'homologie par rapport à la séquence de référence, - Non détecté (limite de détection 10e5 CFU/ml).
Délais (sauf le week-end)	7 jours (max)
Fréquence de réalisation de l'analyse	2 fois par semaine et tous les jours sur LCR

Nomenclature INAMI

Intérêt scientifique

Intérêt médical et scientifique

L’identification des bactéries est importante en routine au laboratoire de Microbiologie Clinique. Cette identification peut se faire par le biais de plusieurs techniques qui nécessitent de mettre les bactéries en culture afin de n’obtenir qu’une souche isolée. La technique la plus couramment utilisée dans le laboratoire est l’identification par Spectrométrie de Masse Maldi-Tof. Il arrive cependant que l’identification par cette technique puisse échouer, soit à cause d’un problème de croissance des bactéries, soit parce que la spectrométrie de masse ne permet pas d’identifier formellement l’espèce bactérienne présente. Pour pallier ce problème, nous avons développé une méthode alternative d’identification des espèces bactériennes basée sur le séquençage d’une partie du gène codant pour la sous-unité ribosomiale 16s. Cette région étant conservée chez les bactéries, le séquençage permet l'identification de celles-ci au genre, à l'espèce ou à la sous-espèce.

Sortie Excel