Microbiologie clinique

Chef de laboratoire

Ph Biol. Cécile MEEX

Téléphone

04/323.24.50

Fax

04/366.24.40

EMail

c.Meex@chuliege.be

Discipline

Biologie Clinique
> Microbiologie Clinique
> Biologie Moléculaire

Détection qualitative par PCR en temps réel du virus SARS-CoV-2 Code ESSAI: COVIDP_ALIN
Test AccréditéISO 15189
Réalisable en urgencenon
Pré-analytique
Type d'échantillonsVoies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques, Voies respiratoires > Gorge, Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire, Voies respiratoires > Nasopharynx
Autre type d'échantillons

Autre liquide : gargarisme. 

MatérielsEcouvillon « eSwab » traditionnel (bouchon rose)
Conditions de collecte, traitement, conservation et transport

Autre matériel possible : Ecouvillon « eSwab » fin pour le NASO-PHARYNX, l’URÈTRE, ... (bouchon orange). 

Conditions de prélèvements

  • eSwab rose ou orange (Copan) ou tout autre tube contenant du milieu de transport  UTM ou VTM pour décharger les frottis.
  • !!! Ne pas utiliser de milieu de transport contenant des agents neutralisant (Zymo,…) !!!

Transport : Transport à température ambiante

Conservation : Frigo (2-15°C), MAX 10 jours. 

Volume minimal à prélever chez le patient1 mL
Délai maximum du préanalytique 12 h
Analytique
Méthode et appareil

Détection qualitative par PCR en temps réel du virus SARS-CoV-2

Kit

Alinity m SARS-CoV-2 AMP (Abbott)

Règle d’application
Post-analytique
Calcul de résultat

Interprétation semi-quantitative basée sur la valeur de cycle des gènes N1/N2. 

Expression du Résultat

Non-détecté 
Très fort positif (Ct <15)
Fort positif (Ct = 15 et <22)
Positif modéré (Ct = 22 à <29)
Faible positif (Ct =31 et <38)

Délais (sauf le week-end) 2 jours (max)
Fréquence de réalisation de l'analyse 7 jours sur 7
Nomenclature INAMI
Intérêt scientifique
Intérêt médical et scientifique

Le SARS-CoV-2 (CoVid-19) appartient à la famille des Coronaviridae. Les coronavirus sont des virus enveloppés dont le génome est composé d’un ARN simple brin à polarité positive.
Le principe du test Alinity m SARS-CoV-2 AMP (Abbott) repose sur l’extraction automatisée des ARNs viraux à partir de prélèvements primaires préalablement inactivés, de leur amplification et de leur détection par RT-PCR à l’aide de l’Alinitym.
L’amplification de l’ARN viral est réalisée à l’aide de couples de primers ciblant des régions des gènes RdRp et N et la détection se fait à l’aide de sondes fluorescentes spécifiques de ces régions.

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