L’examen des matières fécales, ou coproculture, est habituellement réalisé pour documenter l’étiologie d’une diarrhée. La diarrhée peut être aigüe ou chronique, fébrile ou non. Tous les épisodes diarrhéiques ne sont pas infectieux. L’étiologie d’une diarrhée infectieuse peut être bactérienne, virale ou encore parasitaire.
Lorsqu’un clinicien demande une coproculture, il est important qu’il fournisse au microbiologiste quelques renseignements cliniques relevants (contexte épidémique, voyage, fièvre, prise d’antibiotiques, etc.), indispensables à la mise en œuvre des techniques diagnostiques les plus appropriées.
La finalité de la coproculture consiste à tenter d’isoler au sein d'une flore microbienne complexe un nombre limité d’agents réputés pathogènes.
Principaux microorganismes responsables de diarrhées :
* Bactéries : Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, EPEC, ETEC, EHEC, EIEC, Vibrio, Aeromonas, Staphylococcus aureus (toxines), Bacillus cereus (toxines), Clostridium difficile (toxines).
* Virus : Norovirus, Rotavirus, Adenovirus, Astrovirus, Calicivirus, Coronavirus.
* Protozoaires : Entamoeba histolytica, Giardia, Isospora, Cryptosporidium, Balantidium.
* Helminthes: Schistosoma, Strongyloides, Ankylostoma, Necator, Trichuris, Trichinella.