Microbiologie médicale

Chef de laboratoire

Ph Biol. Cécile MEEX

Téléphone

04/323.24.50

Fax

04/366.24.40

EMail

c.Meex@chuliege.be

Discipline

Biologie Clinique
> Microbiologie Clinique
> Biologie Moléculaire

Détection qualitative par PCR en temps réel du virus SARS-CoV-2 Code ESSAI: COVIDP_COB
Test AccréditéISO 15189
Réalisable en urgencenon
Pré-analytique
Type d'échantillonsVoies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques, Voies respiratoires > Gorge, Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire, Voies respiratoires > Nasopharynx
MatérielsEcouvillon « eSwab » traditionnel (bouchon rose)
Conditions de collecte, traitement, conservation et transport

Autre matériel possible : Ecouvillon « eSwab » fin pour le NASO-PHARYNX, l’URÈTRE, ... (bouchon orange). 

Conditions de prélèvements

  • eSwab rose ou orange (Copan) ou tout autre tube contenant du milieu de transport  UTM ou VTM pour décharger les frottis.
  • !!! Ne pas utiliser de milieu de transport contenant des agents neutralisant (Zymo,…) !!!

Information : Contacter le laboratoire pour toute demande sur une autre matrice que celle préconisée. 

Transport : Transport à température ambiante

Conservation : Frigo (2-15°C), MAX 10 jours. 

Volume minimal à prélever chez le patient1 mL
Délai maximum du préanalytique 12 h
Analytique
Méthode et appareil

PCR semi-quantitative en temps-réel, cobas 6800 (Roche)

Kit

Cobas® SARS-CoV-2 Qualitative (Roche)

Règle d’application
Post-analytique
Calcul de résultat

Interprétation semi-quantitative basée sur la valeur de cycle du gène E. 

Expression du Résultat

Non-détecté 
Très fort positif (Ct <18)
Fort positif (Ct = 18 et <25)
Positif modéré (Ct = 25 à <31)
Faible positif (Ct =31 et <36)

Délais (sauf le week-end) 2 jours (max)
Fréquence de réalisation de l'analyse 7 jours sur 7
Nomenclature INAMI
Règles INAMI

Cette prestation peut être portée en compte dans le cadre des indications décrites sur le site de Sciensano : https://covid-19.sciensano.be/fr/procedures/indications

Intérêt scientifique
Intérêt médical et scientifique

Le SARS-CoV-2 (CoVid-19) appartient à la famille des Coronaviridae. Les Coronavirus sont des virus enveloppés dont le génome est composé d’un ARN simple brin à polarité positive.
Le principe du test cobas® SARS-CoV-2 (Roche) repose sur l’extraction automatisée des ARN viraux à partir de prélèvements primaires préalablement inactivés, de leur amplification et de leur détection par RT-PCR à l’aide du cobas® 6800.
L’amplification de l’ARN viral est réalisée à l’aide de couples de primers ciblant des régions des gènes E et ORF1ab et la détection se fait à l’aide de sondes fluorescentes spécifiques de ces régions.

Publications / références

Corman et al, 2020, Euro Surveill. 2020 ;25 (3)

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