• Accréditation
  • Discipline
  • Nature de l'échantillon
  • Réalisable en urgence



Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Biologie Moléculaire
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
TOXOP Détection qualitiative par PCR en temps réel de Toxoplasma sp Sang
Liquides biologiques
Voies respiratoires > Lavage broncho-alvéolaire

PCR  qualitative en temsp réel "in house" ciblée sur  une séquence répétée non codante (529pb) de Toxoplasma gondii, ABI 7500 (Applied Biosystems)

VZVP Détection qualitiative par PCR en temps réel du virus de la Varicelle et du Zona (VZV) Liquides biologiques > LCR
Frottis > Frottis divers

PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène ORF21, du VZV,  Lightcycler 480 (Roche)

BKVP Détection quantitative par PCR en temps réel du BK Polyomavirus Sang
Urines

PCR  en temps réel quantitative, Lightcyler 480 (Roche)

HSVP PCR qualitative en temps réel "in house" ciblée sur le gène codant pour la glycoprotéine D de HSV 1 et 2, ABI 7500 (Applied Biosystems) Voies respiratoires > Aspirations trachéo-bronchiques
Liquides biologiques > Liquide de ponction divers
Biopsie
Frottis > Frottis divers

Détection qualitative par PCR en temps réel des virus Herpes Simplex 1 et 2 (HSV1 et HSV2) 


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Centres Nationaux de Référence > Mycoses
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
MIC-CNR-MYC1 Examen microscopique pour la détection de la présence de levures, spores et filaments mycéliens Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames

Examen microscopique après coloration au blanc de calcofluor

MIC-CNR-MYC6 Identification microscopique Culture

Examen microscopique après croissance sur des milieux appropriés

MIC-CNR-MYC4 Identification par détermination du profil des protéines ribosomales Culture

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

MIC-CNR-MYC7 Identification par séquençage de la portion ITS Culture > Levures
Culture > Champignons filamenteux
Tissus frais

Technique d'amplification par PCR d'un fragment ITS permettant l'identification de l'agent fongique étudié et la discrimination entre espèces proches phylogénétiquement.

MIC-CNR-MYC3 Recherche de champignons filamenteux par culture Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames
Phanères et peau

Mise en culture avec isolement sur des milieux spécifiques et incubation en aérobiose

MIC-CNR-MYC2 Recherche de levures par culture Phanères et peau > Cheveux
Phanères et peau > Ongles
Phanères et peau > Squames

Mise en culture avec isolement sur des milieux spécifiques et incubation en aérobiose

MIC-CNR-MYC8 Sensibilité aux antifongiques: détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par méthode de dilution en milieu liquide et interprétation Culture > Levures

Technique quantitative standardisée de détermination de CMI en microdilution par l'utilisation de microplaque SENSITITRE. Les suspensions standardisées de levures sont distribuées dans les microplaques à l'aide de l'autoinoculateur sensititre. Après incubation, les CMI sont lues à l'aide du système Sensititre VIZION et interprétées en catégories S (Sensible), I (Intermédiaire) et R (Résistant) en accord avec l'édition la plus récente du CLSI (Clinical Laboartory Standards Institute)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Centres Nationaux de Référence > Streptocoques
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
MIC-CNR-GBS2 Culture Culture

Culture sur milieux solides nutritifs ou différentiels ou en bouil'on suivant les objectifs poursuivis

MIC-CNR-VIB1 Culture Culture

Culture sur milieux solides nutritifs

MIC-CNR-GBS7 Détermination de la sensibilité aux agents antimicrobiens Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Plusieurs méthodes peuvent être utilisées isolément ou en combinaison:

-Détermination des concentrations minimales (CMI en mg/L) par la micro-méthode en dilution: Sensititre Trek et interpretation

-Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI en mg/L) par la méthode en dilution ETest et interprétation

-Détermination de la résistance inductible à la clindamycine par la méthode de diffusion de disques en milieu gélosé

MIC-CNR-GBS6 Détermination des caractéristiques microscopiques après coloration de Gram Culture > Bactéries
Culture

Examen microscopique après coloration de Gram d'un étalement de la souche cultivée et description de la morphologie / coloration des bactéries observées

MIC-CNR-GBS5 Détermination des sérotypes capsulaires de S.agalactiae Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Détection des polysaccharides capsulaires (Ia, Ib, II à IX) de S.agalactiae par un test d'agglutination avec des particules de latex spécifiques des différents sérotypes

MIC-CNR-VIB4 Détermination du sérogroupe et serovar de V.cholerae Culture

Détection des antigènes O de V.cholerae par un test d'agglutination rapide sur lame avec des antisera spécifiques de V.cholerae.
Le choix des antisera utilisés permet de différencier V.cholerae O1 serovar Inaba, V.cholerae O1 serovar Ogawa, V.cholerae O1 serovar Hikojima et V.cholerae O139 Bengal

MIC-CNR-GBS3 Identification de S. agalactiae par agglutination Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Détection de l'antigène de groupe B par un test d'agglutination'avec des particules de latex spécifiques du groupe B

MIC-CNR-VIB3 Identification par détermination du profil des protéines ribosamales Culture

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

MIC-CNR-GBS4 Identification par détermination du profil des protéines ribosomales Culture > Streptococcus agalactiae
Culture

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

MIC-CNR-GBS1 Recherche de S.agalactiae par culture après enrichissement sélectif Frottis > Frottis vaginal
Frottis > Frottis rectal

Culture sur milieux sélectifs et différentiels appropriés y compris un bouillon d'enrichissement sélectif. Incubation à 35°C dans les atmosphères appropriées (air, air + CO2 et anaérobiose)

TDRHP Recherche par PCR de la présence des gènes TDH/TRH Vibrio parahaemoliticus Culture > Vibrio sp

PCR

MIC-CNR-VIB5 Recherche par PCR de la présence du gène CtxA, marqueur de pathogénicité codant pour la sous-unité A de la toxine cholérique Culture

Détection du gène CtxA par PCR "in house" en temps réel adaptée d'après l'article "Use of real time PCR assay for detection of the CtXA gene of Vibrio Cholerae in an environmental survey of mobile bay" (Blackstone G. et al., Journal of Microbiological Methods, 2007)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Laboratoire de Référence SIDA > LRS : Biologie Moléculaire
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
LRS_HIV_PCR Détection de l'ADN proviral HIV-1 dans les PBMC Sang

Détection par PCR. Test "home-made".

LRS_HCV_GENO Test de génotypage LIPA VERSANT HCV (SIEMENS) Sang

Amplification de l'ARN viral par PCR après extraction manuelle (QIAGEN) et détermination des génotypes (de 1 à 6) et sous-types par hybridation inverse sur bandelettes

LRS_HBV_QUA Test de quantification de l'ADN viral HBV plasmatique Sang

Extraction automatisée des échantillons (m2000sp, Abbott) suivie d'une amplification et d'une quantification par PCR en temps réel (m2000rt, Abbott)

LRS_HCVQUAm2000RT Test de quantification de l'ARN viral HCV plasmatique Sang

Extraction automatisée des échantillons (m2000sp, Abbott) suivie d'une amplification et d'une quantification par RT-PCR en temps réel (m2000rt, Abbott)

LRS_HCVCALm2000RT Test qualitatif de détection de l'ARN viral HCV plasmatique Sang

Extraction automatisée des échantillons (m2000sp, Abbott) suivie d'une amplification et d'une détection par RT-PCR en temps réel (m2000rt, Abbott)


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Laboratoire de Référence SIDA > LRS : Sérologie
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
LRS_VIDAS_DUO Test de détection de l'Ag p24 de HIV-1 et des Ac anti-HIV-1/HIV-2 dans le sang Sang

ELFA (Enzyme Linked Fluorescent Assay, Biomerieux) réalisé sur VIDAS

LRS_GENS_HIV Test qualitatif de détection d'anticorps anti-HIV1 et -HIV2 Sang

EIA réalisé avec le test GENSCREEN HIV1/2 (v.02) (BIORAD)

LRS_LIA_HIV Test qualitatif de détection d’anticorps dirigés contre le virus de l’immunodéficience humaine (HIV) de types 1 et 2 dans le sang Sang

Immunoblot sur bandelettes réalisé sur AUTO-LIA (Innogenetics)

LRS_VIDAS_AGP24 Test quantitatif de détection de l'Ag p24 de HIV-1 dans le sang Sang

ELFA (Enzyme Linked Fluorescent Assay, Biomerieux) réalisé sur VIDAS


Biologie Clinique > Microbiologie Clinique > Sérologie Infectieuse
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
HBE_AG Ag Hépatite B enveloppe (HBe) Sang

Dosage qualitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

HBS_AG Ag Hépatite B surface (HBs) Sang

Dosage quantitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

CMV_G anti- CMV IgG Sang

Dosage quantitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

CMV_M anti- CMV IgM Sang

Dosage qualitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

HIV anti- HIV (Ag p24 + Ac anti-HIV1 et HIV2) Sang

Dosage qualitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

HTLV anti- HTLV I et II Sang

Dosage qualitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON®XL (DiaSorin)

HCV anti- Hépatite C Sang

Dosage qualitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

HBC anti- hépatite B core (HBc) Sang

Dosage qualitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

HBE anti- hépatite B enveloppe (HBe) Sang

Dosage qualitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

HBS_AC anti- hépatite B surface (HBs) Sang

Dosage quantitatif par méthode immunoluminométrique, analyseur LIAISON XL® (DiaSorin)

TPSCR anti-Treponema pallidum - dépistage spécifique Sang

Dosage qualitatif (dosage combiné des IgM et des IgG anti-Treponema pallidum) par méthode immunoluminométrique


Biologie Clinique > Toxicologie clinique, médico-légale, de l'environnement et en entreprise
Code EssaiPropriété mesuréeEchantillonMéthode et appareil
VAL Acide Valproïque sanguin Sang

PETINIA, Alinity, Abbott

AL Aluminium plasmatique Sang

ICP-MS

AM1 (amikacine vallée) // AM2 (amikacine pic) Amikacine sanguin Sang

PETINIA, Alinity, Abbott

SB Antimoine sanguin Sang

ICP-MS

SBU Antimoine urinaire Urines

ICP-MS

AS Arsenic sanguin Sang

ICP-MS

ASU Arsenic urinaire Urines > 24H
Urines
Urines > Non déterminé (Autre)

ICP-MS


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